선발제도 변경 등
제도 도입 이후부터 예술·체육분야 특기자 선발범위 및 복무분야 지정 등에 대하여 특기자선발위원회 등 각종 위원회에서 정하던 제도가 1999년 12월 31일 「병역법시행령」(제16668호) 개정과 함께 폐지되고 병무청장이 정하도록 하였다. 이후 2002년 월드컵축구대회에서 16위이상의 성적을 거둔 사람에 대하여 공익근무요원 소집대상으로 확대하였고, 2003년에는 현역복무기간 단축에 맞추어 예술·체육분야 공익근무요원 복무기간도 26개월로 단축하게 되었다.

예술·체육분야 대체복무제도의 장래
앞에서 살펴본 바와 같이 예술·체육분야 대체복무제도는 시대에 따라 많은 변화를 거듭하면서 오늘에 이르고 있으며, 그 동안 이들이 문화창달과 국위선양에 기여한 측면이 있으나 다른 분야와의 형평성 및 병역 특혜시비 논란 등이 끊이지 않고 있는 가운데 특히 금년 3월 월드베이스볼클래식(WBC)선수에 대한 대체복무 허용 결정으로 각계에서 제도개선을 요구하는 목소리가 한층 높아지고 있다. 이에 따라 ’06. 4월 정부에서는 국방부, 병무청, 문화관광부 등과 각계 전문가가 참여하는 「대체복무제도 연구위원회」를 구성하여 연말까지 신중한 검토를 거쳐 대체복무제도를 정비할 예정이다. 이렇게 하여 모든 국민이 공감할 수 있도록 대체복무제도에 대한 원칙과 기준이 설정될 것으로 기대한다.