징병검사 절차와 시스템의 혁신
다음으로 병무청 창설시부터 유지되어 오던 군의관에 의한 신체검사와 정밀검사의 군병원 의뢰 제도를 폐지하고, 병무청 계약직공무원 신분의 징병전담의사제도와 중앙신체검사소를 신설하여, 순수 민간인에 의한 징병검사를 실시함으로서 비리 발생의 여지를 제거시켰다. 또한 과거 수작업에 의한 징병검사과정을 완전 전산화하여 투명성을 제고하고 국민들이 징병검사결과를 신뢰하는 기반을 조성하였다.

의무자 위주의 입영문화 조성
그리고 ‘입영일자 본인선택제도’, ‘군대 빨리 가는 길’ 서비스, ‘동반입대제도’, ‘아버지·형이 근무하던 부대 복무제도’ 등 입영의 자율성을 보장하는 새로운 제도들을 창안 시행함으로서 신세대의 취향에 맞는 입영문화를 조성하였다.

병역면탈 예방체계 구축
그간 ‘신의 아들’ 논쟁을 불러일으킨 “가진 자들”의 병역이행 솔선수범 문화(Noblesse Oblige)를 조성하기 위하여, 종전 1급이상 공직자 등에 한하여 병역사항을 공개하던 것을 4급이상 공직자 등으로 공개대상을 확대하였다.
또한 상습적으로 병역을 회피하는 對象群을 선정하여 이들의 병역처리를 더욱 신중히 하는 ‘병역면탈조기경보시스템’을 도입하였으며, 비리관련자의 의무면제 연령을 36세로 연장하는 등 불법적인 병역면탈 시도를 원천 차단하기 위하여 노력하였다. 
이와 같은 노력의 결과 우리 병무청을 2003년 이후 매년 청렴 우수기관으로 선정되는 가시적 성과를 이루었으며, 드디어 2007년 3월 19일 병무직원이 관련된 비리가 단 한건도 발생하지 않은지 3,000일이 되는 쾌거를 이루게 된 것이다.

청렴병무청 5,000일 달성을 위한 정책 추진방향
우리는 이와 같은 자신감을 바탕으로 2012년 9월 8일 5,000일 달성, 나아가서 2026년 5월 18일 10,000일을 달성하기 위하여 전 병무직원의 굳은 의지를 확인하는 「우리의 다짐」을 채택한 바 있다.

과학적이고 체계적인 시스템의 개발
그러나 의지만으로 목적을 달성하기에는 너무 빠르게 행정환경이 변화하고 있으며, 새로운 유형의 비리가 발생하고 있다. 행정이 변화된 환경에 적응하여 혁신을 게을리 할 때, 제도상의 허점과 빈틈을 노린 범죄는 언제든지 발생할 수 있다. 또 징병제를 유지함에 따른 ‘원하지 않는 입영자’ 문제는 원초적으로 비리발생의 소지를 안고 있다. 우리는 도둑이 들기 전에 외양간의 문을 고치는 농부의 자세로, 비리가 애당초 발붙이지 못하도록 법과 제도를 수시로 점검하여 개선하여야 할 것이다.

부패신고 활성화 및 내부고발자 보호
우리나라 국민은 오랜 피침(被侵)의 경험으로 내부고발자를 배신자와  동일시하는 경향이 있다. 국제  투명성기구가 매년 발표하는 지난해 우리나라 부패인식지수 (CPI:Corruption Perceptions Index)는 2005년 대비 불과 0.1점이 상승한 5.1에 그치고 있는바, 신고에 대한 부정적 인식이 부패문화 청산을 지지부진하게 하는 원인 중의 하나다.

부정과 비리, 부패는 밝은 곳에서 공개적으로 이루어지는 것이 아니며 은밀하고 어두운 곳에서 이루어진다. 열 사람이 지켜도 한사람의 도둑을 막지 못하는 것은, 지키는 사람은 밝은 곳에 있고 도둑은 어두운 곳에 몸을 숨긴 체 움직이기 때문이다. 아무리 감사기법이 뛰어나고 공직기강을 강화해도 가장 가까운 곳에서 지켜보고 있는 동료의 눈을 따라갈 수는 없다.