참여정부 들어 행정의 국민 참여 일반화, 혁신을 통한 고객 지향적 제도개선 및 업무 효율화 추진 등에 따라 그동안 선병업무분야 전반에 걸쳐 많은 변화가 있었다. 금년도 선병자원본부의 사업추진계획은 지금까지 개선한 각종 제도를 정착시키고, 앞으로 더욱 보완·발전시켜야 할 부분에 중점을 두고 다음과 같은 업무를 중심으로 추진하고자 한다.

우수자원 선발을 위한 정확한 자원관리체계 정착
주민·호적전산을 연계한 최초 병역자원의 정확한 획득 최초 병역자원획득에 관한 업무는 국민개병주의 원칙에 입각한 징병제를 채택하고 있는 우리나라의 경우 병무행정에 있어서 가장 중요한 업무라고 할 수 있다. 이를 위하여 2005년부터 법원행정처와 협조, 최초 병역자원조사에 호적전산을 활용할 수 있는 근거를 마련하여 주민전산과 호적전산을 연계한 병역조사·관리체계 구축 등 획기적으로 개선하였다.
금년도에는 주민전산과 호적전산 기본 자료를 종전 연1회 인수 정리하던 것을 2회 인수 정리함으로써 이를 더욱 보완·발전시켜 병적누락을 사전에 예방하는 병적관리시스템을 정착해 나가도록 할 계획이다.

병적정리매뉴얼에 따른 병적정리체계 정착
최초 병역자원획득 후 정확하고 완벽한 병적정리를 통하여 병무행정에 대한 대국민 신뢰도를 향상하고자 한다.
이를 위하여 2006년도에 병적정리에 대한 체계적이고 통일된 규정을 훈령으로 제정(제643호, ‘06.5.29.)하여 병적중단, 의무부과 누락·지연 등 오류자원 발생을 사전예방하고 있으며, 특히 MOAS(병무청 문서관리시스템)에 『병적정리메뉴얼』 Site를 개설 전지방청 실무직원들이 참고할 수 있도록 운영하고 있다.
금년도에는 보다 완벽한 병적정리 기반조성 및 실무 담당직원의 병적정리 능력을 배양하기 위하여 병적정리메뉴얼에 관한 교육과정을 병무혁신학교에 신설·운영할 계획이고, 병적정리관련 워크숍을 개최 미비사항에 대하여 지속적으로 보완·발전시킬 예정이다.
또한 차세대 정보화시스템 사업과 연계 병적정리 결과 실시간 점검 및 1일 결산을 위한 정보화시스템을 구축 할 예정이다.

대국민 신뢰도 제고를 위한 정확한 징병검사 실시
징병검사의 공정·투명성 제고
① 병역면탈 조기경보시스템 운영, 병역면탈 근절
2005년부터 발생 가능한 지능화된 병역면탈 행위를 예방하기 위하여 주관적 판단을 배제하고, 객관적이고 통계적인 기법을 활용하여 병역면탈 요소를 추출, 계량화하여 면탈 위험도를 표출하는 조기경보시스템을 구축·운영하고 있다.