차세대 정보시스템 구축
급변하는 행정환경 변화와 병무행정 정보화로 사용자 요구를 신속히 수용하지 못하는 현 정보화 체계의 한계를 극복하기 위하여 현재 본청 및 지방청에서 분산 관리하고 있는 정보시스템, DB 및 조직을 통합 중앙집중식 정보자원관리체제로 전환하여 정보화의 효율성을 극대화하기 위한『차세대 정보시스템 구축』사업을 추진하고 있다.
이는 지식정보화 기반을 지속적으로 확충하고 일하는 방식을 꾸준히 혁신하여 시스템의 비효율적 요소를 해소함으로써 국민편익 증진과 행정 효율을 제고하는 병무청으로 다시 태어나고자 하는 것이다.
이 사업의 성공적 추진을 위하여 2006. 5. 1.『차세대 정보시스템 구축사업단』을 발족 운영하고 있으며, 2006년도에 병무행정의 분석 및 설계를 완료하였다. 2007년도부터 분석·설계된 자료를 바탕으로 시스템 개발에 들어가며, 하반기 시범운영을 거쳐 2008년도에 본격적인 시스템 운영 목표에 착오가 없도록 할 예정이며, 차세대 정보시스템을 통해 변화될 병무행정 환경은 다음과 같다.

효율적 자원관리체계 구축
① 자원실명제
병역자원관리의 정보화가 완료되었지만 현행 자원관리체제는 다음과 같은 문제점이 있다.
첫째, 실무자 위주가 아닌 자원구분에 의한 병역자원관리로 자원정비의 지연을 초래하고 있고, 둘째, 실무자별 자원변동에 의한 일일 자원결산 체계 미구축으로 정책의 결정 및 집행에 지연을 초래하고 있다.
그러나 차세대 정보시스템에서는 모든 병역자원에 대하여 제1국민역 편입에서부터 병역의무 종료 시 까지 자원관리 담당자를 시스템으로 자동지정하여 기록하고 관리하도록 구축된다.