공익근무요원 배정 우선순위 기준 설정
각 지방병무청마다 기관간 분야간 배정순위가 달라 발생하던 오해소지를 없애기 위해 공익성이 높은 기관과 분야에 공익근무요원을 우선 배정하는 등 기관간 분야간 배정순위가 세부적으로 명시되어 새해부터 시행된다. 기관별 배정 순위는 사회복지시설, 국가기관, 지방자치단체, 공공단체 순이며, 분야별 배정순위는 봉사, 보호, 감시, 행정지원, 경비 순이다.

공익근무요원 소집, <징병검사년도>가 빠른 순으로 개선
병역자원 감소와 복무기간 단축에 따른 자원수급 사정의 변화와 현행 고학력 위주의 소집이 병역의무의 형평성 결여라는 지적에 따라 공익근무요원 소집순서를 <학력이 높은 순 → 징병검사 년도가 빠른 순>에서 <징병검사 년도가 빠른 순 → 학력이 높은 순> 으로 개선 했다.

장기대기 제2국민역 편입 대기기간 3년에서 4년으로 연장
공익근무요원의 소집순서가 <학력기준>에서 <징병검사 년도가 빠른 순>으로 개정되어 학력별 대기기간 구분이 없어짐에 따라 공익근무요원 소집 대상자 중 고퇴 이하 학력자의 장기대기 사유 제2국민역 편입대기기간은 3년에서 4년으로 1년 늘어나게 된다.

징병신체검사 명예 옴부즈만 제도 운영
징병검사 과정의 공정성과 투명성을 제고하고, 징병전담의사 또는 징병검사 종사원의 반복적이고 타성적인 업무자세를 쇄신하기 위해 외부에 의한 감시통제장치인 <징병신체검사 명예옴부즈만 제도>가 2004년 2월 2일부터 도입 운영된다. 이에 따라 신체등위 판정심의위원회 위원으로 반부패연대, 참여연대 등 시민단체 인사를 반드시 “명예옴부즈만”으로 위촉 임명하게 된다.

현역병 입영기일 연기제도 개선
적정한 군 소요 인원을 충원하기 위해 각 군 모집 응시 사유로 입영기일을 연기하고자 할 경우, 종전에는 지원일자와 관계없이 연기할 수 있었으나 새해부터는 입영기일 30일 전까지 지원한 사람에 한해 연기할 수 있으며, 입영기일 연기원은 입영기일 5일전까지 제출하여야한다.
육군 모집병의 학력평가 선발기준 개선
모집병 선발 시 학벌보다는 직무수행 능력위주의 공정한 선발을 위하여 기술핵심 특기병 등 일부 특기병을 제외하고는 선발 배점기준표의 “학력”배점 항목이 폐지된다.

지정업체장의 4촌 이내 혈족 편입제한
지정업체장의 직계비속이나 친척들이 지정업체에 편입된 후 실제로는 경영수업, 사무직 등에 종사하는 등의 사례를 사전에 예방하기 위해, 종전 지정업체 장의 직계비속에 한해 그 지정업체의 편입을 제한하던 것을 2003년 12월 3일부터는 지정업체(기업부설 연구기관의 경우 모기업을 말한다)장의 4촌 이내 혈족까지로 제한 범위를 확대했다.

석ㆍ박사 통합과정 수학자의 전문연구요원 편입
전문연구요원 편입대상이 “석사이상 학위 취득자”와 “자연계 대학원에서 박사학위 과정을 수학중인 사람”에서 단기간의 고급인력 양성 목적으로 설치된 “석ㆍ박사 통합학위 과정을 수료한 사람”과 자연계 대학원에서 석사학위 및 박사학위 과정이 통합된 과정에서 석사학위 과정의 수업연한을 이수한 사람까지도 포함, 석ㆍ박사 통합과정 학생들의 권익을 보장하고 형평성을 도모토록 했다.

유학사유 국외여행허가 연령, 학교별 제한연령까지로 개정
현재 유학사유 국외여행 허가대상을 “학교별 제한연령 내 졸업이 가능한 사람”으로 제한해 왔으나, 앞으로는 “제한연령 내 졸업가능 여부와 관계없이 학교별 제한연령까지” 국외여행허가를 해주도록 개정했다. 이에 따라 2년제 대학은 22세까지, 4년제 대학은 24세까지, 2년제 대학원은 26세까지 병역의무가 연기되며, 종전 고등학생은 연령에 관계없이 졸업시까지 입영연기 해주던 것을 앞으로는 20세까지로 그 기한을 제한함으로써 고등학생들이 국외유학제도를 악용하는 사례를 방지했다.