병역자원을 정확하게 획득하고 관리하는 한편, 군에서 필요로 하는 정예자원을 엄정하게 선발하여 적기에 충원하는 안보행정이다. 따라서 어느 행정분야보다도 민주적이고 합리적이어야 하는 동시에 의무부과의 형평성과 공정성이 보장되어야 한다. 때문에 국가안보 여건과 행정환경의 변화에 능동적으로 대처하면서 병역의무부과의 형평성을 실현하기 위해서는 시의(時宜) 적절한 관계법령의 개정과 함께 병무행정을 수행하는 조직의 정비가 필수적이라 할 수 있다.

그동안 병무청 조직은 숱한 행정환경의 변화에도 불구하고 초창기 조직의 골격을 유지한 채 33년이라는 긴 세월을 지내왔다. 물론 1999년 지방자치단체에 위임하여 처리하던 일부 병무사무가 지방병무청으로 환원되면서 지방자치단체 병무조직의 폐지와 지방병무관서 병무직원의 정원이 감소되는 큰 변화가 있기는 하였지만 본청을 중심으로 한 병무청조직은 병무청이 창설된 이래 줄곧 현 상태를 유지하여 왔다. 그러나 이제 우리 병무조직은 안보환경변화와 시대적 변화를 수용하며 새로운 행정환경에 따른 정책결정을 능동적으로 처리할 수 있는 제도적 시스템을 만들고 새로운 병무행정의 장을 열기 위한 혁신적인 조직으로 거듭나고 있다.