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산업지원업무 추진환경의 변화
 년부터 과학기술의 육성과 국가산업 발전을 지원하기 위하여 시행된 전문연구요원 및 산업기능요원 제도(구 특례제도)는 30년의 세월 속에서 수 많은 변천을 거치면서 국가산업과 경제발전에 크게 기여하여 왔다. 그러나 80년대 이후 출산율 저하에 따른 병역자원의 감소로 2005년도부터는 산업기능요원 인원배정을 중단하기로 하고 2001년부터 인력지원 규모를 지속적으로 감축하여 왔다.
그러나 ‘04. 1. 20. 대통령께서 인천공단을 방문, 중소기업들의 애로사항을 듣는 현장에서 ‘산업기능요원의 역할이 매우 중요하며, 이 제도가 폐지되면 산업현장 인력확보에 애로가 예상된다'는 건의를 받자 폐지방안의 재검토 지시를 하셨고 그에 따른 효율적 운영방안을 마련토록 수석보좌관 회의시 지시를 하셨다. 이에 따라 중단될 예정이었던 산업기능 인력지원은 ‘05년도는 현 수준 유지, ‘06년 이후에는 이 제도에 대한 산업자원부, 과학기술부 등 7개 관련부처 공동연구를 실시한 후 그 결과에 따라 지원 규모 등을 결정하도록 하였다. 따라서 현재 이에 대한 연구를 산업연구원 주관으로 한국국방과학연구원 등에서 공동연구를 추진중이며, ‘04. 8월중에 연구결과가 마무리 될 예정이다.
지정업체 평가제도
 업체 평가제도는 지정업체의 복무관리 능력을 향상시켜 자율 복무관리 체계를 확립하고 적정한 지정업체 수의 유지와 효율적 관리를 통하여 궁극적으로 지방청의 실태조사를 비롯한 업무부담을 경감하는 데 그 목적이 있다.
그 동안 지정업체 수는 벤처기업을 집중적으로 육성하였던 2000년도를 기준으로 급격히 증가한 반면, 병역자원은 지속적으로 감소하였고 이에 따라 지정업체에 지원되는 배정인원의 감소로 사실상 이 제도운영의 실효성 확보가 곤란하게 되었다.
뿐만 아니라 지정업체별 배정인원이 축소된 이후 비교적 임금수준이 높고 근무조건이 양호한 정보처리분야 등 특정 분야에서 산업기능요원 편입을 조건으로 임금착취, 인력송출 등의 불법행위가 빈발하고 있으나 병무청의 부족한 실태조사 인력으로는 불법행위를 단속하는데 한계가 있다.
따라서 지정업체간 경쟁을 통한 자율 복무관리체계를 확립하고, 부실업체로 평가된 업체는 과감히 퇴출시키는 반면, 우수업체에 대해서는 지원을 더욱 강화하기 위한 방안으로 지정업체 평가제도를 도입하게 되었다.
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