일부 복무기관에서 공익근무요원의 명령 위반 및 근무지 이탈 등이 발생하거나 근무기관 자체 내에서 구타, 얼차려 등의 복무위반 사례가 일부 언론에 보도되고 있어, 우리사회 공익근무요원을 보는 눈이 곱지 않다. 이는 성실하게 복무하고 있는 공익요원들의 사기를 저하시킬 뿐만 아니라 병무행정에 대한 불신요인으로 작용할 수 있어 복무관리를 부실하게 하는 기관에 대하여는 제재기준을 강화할 필요성이 요구되고 있다.
지금까지는 고발·징계 또는 경고 처분, 복무이탈 등 사고다발 기관, 집단민원 등 복무관리 부실사례가 발생한 복무기관에 대하여는 지방병무청장이 다음년도 배정요청 인원을 제한하거나 이미 배정된 인원에 대하여 취소할 수 있도록 되어있었다. 
그럼에도 현황에서 보는 바와 같이 공익근무요원 사고율은 전체 복무인원 대비 3~4%에 비해 제재인원은 배정요청 인원대비 1% 미만으로 제재가 소극적으로 이루어져 제재 효과가 미비했다.

따라서 병무청에서는 공익근무요원 배정의 합리성을 유지하고 공익근무요원제도의 근본 목적인 공공이익 실현을 극대화하기 위하여 실태조사를 철저하게 실시함은 물론, 공익근무요원 관리전담요원 확보, 기관장의 공익근무요원에 대한 관심도, 공익근무요원의 범죄 발생율, 기능별·분야별 효율적 운영여부 등에 대하여 복무기관별로  매년 평가를 실시 그 결과에 따라 공익근무요원 인원 배정제한을 강력히 시행해 나갈 예정이다.
다음은 이번에 강화한 제재기준이다.

제재기준 확대
기존에는 복무기관의 법·령·규칙 등의 위반사항에 대하여 제재하도록 되었으나 강화된 제재기준에는 복무중인 공익근무요원과 관련된 사건·사고의 언론보도, 인터넷 등에 보도한 민원에 대하여도 제재가 가능하도록 하였다.

사유별로 경중을 두어 제재
복무기관에 부실사례가 발생하였을 경우 부실사례 발생횟수, 복무중인 인원, 사건·사고의 경중을 고려하여 일정비율 제재하도록 기준을 세분화 하였다.