지역적 특성을 고려한 기능조정 및 조직정비
그 동안 이름만 바꾸어 달라는 간절한 소원이 이루어져 지방병무사무소가 「병무지청」으로 격상되어 한층 품격을 갖추게 되었고, 이와함께 지청의 명칭을 지역 대표성이 부각될 수 있도록 변경하였다. 또한 산업지원 인력 업무가 과중한 서울청에는 산업지원과를, 인천ㆍ경기청에는 민원행정과를 신설하였다. 또한 부산청 징병검사운영관을 폐지하는 대신 자원이 많은 경남병무지청에 징병검사과를 신설, 지역적으로 업무특성에 부합되는 조직으로 재정비하였다.

병무행정 독자수행을 위한 조직개편
지난 국민의 정부 출범과 동시에 추진된 작은 정부구현을 위한 정책에 따라 1999년 7월 1일 전국 읍ㆍ면ㆍ동사무소 병무직원 3,845명이 감축되고 그 업무를 시ㆍ군ㆍ구와 지방병무청에서 수행하다가, 2002년 7월 1일부터는 시ㆍ군ㆍ구 병무계마저 폐지되어 병무직원 1,280명이 감축된 것은 우리 병무행정사에 커다란 변화라 아니할 수 없다.

이때부터 병무행정 독자수행 조기정착의 길을 모색하게 되었고 조직과 인력ㆍ예산을 확보하기 위하여 혼신의 힘을 기울인 결과 중앙신체검사소 및 병무민원상담소를 신설하고, 강릉지방병무사무소장 직급을 4급으로 상향 조정하였다. 창원ㆍ의정부 지방병무사무소에 동원과, 강릉지방병무사무소에 동원소집과를 각각 신설하였을 뿐만 아니라 244명의 새로운 인력을 증원하는 등 병무행정 독자수행을 위한 조직개편에 최선을 다하여 왔다.

국민의 정부 출범 이후 병무행정과 이해관계가 있는 타부처 또는 지방자치단체에서 병무행정을 이관받고자 하는 부처 이기주의적 알력과 갈등이 없지 않았으나 「독자수행이라는 강한 의지」로 대처해 온 우리청으로서는 전화위복의 결과를 얻을 수 있었으며, 또한 이번 조직개편을 통하여 병무행정 독자수행을 위한 조직개편을 마무리 할 수 있었다.
다음은 새롭게 개편된 병무청 조직과 개편내용이다.